Las actuaciones que la UNED desarrolla en el ámbito de la investigación, se encuadran en diferentes unidades: Doctorado, la Oficina de Apoyo Técnico a la Investigación, la Oficina de Programas Europeos de Investigación, el Centro de Documentación Europea, Instituto Universitario de Investigación, Instituto Universitario “General Gutiérrez Mellado”, e Instituto Universitario de Investigación sobre Seguridad Interior. Actualmente se desarrollan más de 100 proyectos amparados en los Programas Nacionales y Sectoriales de investigación así como de la Unión Europea.
En el ámbito del Tercer Ciclo, la UNED ha ido adquiriendo en los últimos años un gran desarrollo ya que es el objetivo final de muchos de nuestros estudiantes. En el Curso 2004-2005 se imparten 125 Programas de Doctorado de los cuales 4 han recibido Mención de Calidad del Ministerio de Ciencia y Tecnología: Envejecimiento y Enfermedades Neurodegenerativas, Metodología de las Ciencias del Comportamiento, Física de los Sistemas Complejos e Ingeniería de Sistemas y Automática. Esta Universidad ha creado el Premio Elisa Pérez Vera de Investigación (en honor de quien fuera la primera mujer que fue Rectora de una universidad española) para trabajos sobre Mujer, Género y Feminismo.
En cuanto al 3º ciclo, existen Becas Predoctorales específicas de nuestra universidad además de las Becas FPU, Becas FPI y Becas Postdoctorales de la Comunidad de Madrid, Juan de la Cierva y Contratos Ramón y Cajal.