La Universidad SEK desarrolla proyectos de investigación de carácter local, regional, nacional e internacional con el objetivo de generar conocimiento y revertir sus resultados a la sociedad. La Universidad SEK, con el ánimo de fomentar la investigación, convoca ayudas para la realización de proyectos llevados a cabo en la propia Universidad, una iniciativa que es novedosa en el ámbito de las universidades privadas españolas. Sus Facultades y Escuelas desarrollan proyectos muy variados como la investigación de posibles vías de inhibición y bloqueo del cáncer producido por nitrosocompuestos o el estudio histórico-artístico del Convento de Santa Cruz la Real, edificio de la Baja Edad Media sobre el que se asienta el campus. Otro de los proyectos más destacados es el denominado “Proyecto Cauca”, un estudio integral de intervención patrimonial y medioambiental en la ciudad y entorno de Coca. La excavación en esta localidad segoviana, en la que participan alumnos y profesores, ha supuesto un gran hallazgo arqueológico: un excepcional complejo residencial romano, cuya propiedad pudiera estar relacionada con una familia de posición relevante y vinculada al emperador Teodosio. Asimismo, los profesores de la Universidad SEK llevan a cabo multitud de proyectos con otras universidades españolas y extranjeras, financiados con fondos europeos y españoles.