Los ámbitos de investigación cubiertos por Mondragon Unibertsitatea abarcan el área tecnológica, con aspectos relacionados con la transformación de materiales, innovación de producto, energía, tecnologías de la información y comunicación, entre otros; el área de gestión empresarial, desarrollando investigación sobre economía social, cooperativismo, emprendizaje, etc. y el ámbito educativo y pedagógico.
Cada año son más los programas de I+D en los que la Universidad participa, entre los que destacan en Plan de Ciencia, Tecnología e Innovación del Gobierno Vasco, con proyectos sobre microenergía, wireless, procesos de fabricación de alto rendimiento, materiales y procesos inteligentes, empresa digital extendida, etc.; el Plan Nacional de I+D+i y los Programas Marco Europeos.
Asimismo, la universidad tiene establecidas alianzas estratégicas con empresas, centros tecnológicos y otras universidades estatales y extranjeras con quienes desarrolla diversos proyectos de investigación.
Por último, cabe destacar la creación del Polo de Innovación Garaia, promovido por la universidad, MCC y la Administración Pública que posibilita la interacción, en un espacio común, de la Universidad, CC.TT. y Unidades de I+D de empresas, añadiendo valor específico a la formación y a la investigación.