La Universidad CEU Cardenal Herrera fue aprobada por las Cortes Valencianas en diciembre de 1999, aunque la Fundación Universitaria San Pablo-CEU desarrolla su labor docente en Valencia desde el curso 1971-72, en que se implantaron los estudios de COU. El año siguiente se comenzaron a impartir enseñanzas universitarias como centro adscrito. Desde esa fecha, el crecimiento de las titulaciones permitió su transformación en la primera Universidad de gestión privada de la Comunidad Valenciana en 2000. Desde el curso 1994-95, imparte también estudios universitarios en Elche (Alicante).
En el curso 2007-08 se implantará en Castellón, con la apertura de la Escuela de Enfermería en el Consorcio Hospitalario Provincial de la ciudad.