Uno de los pilares del reconocimiento social de la UPV es su capacidad investigadora, que persigue la innovación tecnológica y el desarrollo regional. En el último año, la institución ha dedicado más de 3 millones de euros a los programas de incentivo, y ha consolidado sus estructuras propias de investigación (hasta 44 departamentos y 46 institutos, centros y laboratorios propios de la UPV o concertados con otras organizaciones).
Con el nombre de Ciudad Politécnica de la Innovación, se conoce el parque científico de la UPV que, al término de su ejecución, comprenderá un espacio de 140.000 m2, y agrupará al 60% del colectivo activo en I+D, es decir, a unos 900 investigadores y 400 personas de apoyo. En la actualidad, están en funcionamiento dos edificios emblemáticos donde se ubican los institutos dedicados a las tecnologías de la información y las comunicaciones. Y, para finales de 2005, estarán instalados los centros ligados al sector de la agrobioingeniería y de los procesos químicos.