Comillas ofrece una propuesta educativa caracterizada por el rigor académico, la calidad, el sentido crítico, exigente y creativo de la formación con una conciencia social avanzada, enriquecida por un sistema de valores fundamentado en el humanismo cristiano; la atención personalizada, los grupos reducidos en clase, la ayuda psicológica ante las dificultades académicas, el equilibrio entre teoría y práctica, el apoyo de recursos y herramientas (bibliotecas, laboratorios, sistemas informáticos, etc.), las bolsas de trabajo para respaldar la inserción laboral de los titulados y las ayudas al estudio de a propia Universidad.
Durante el curso 2005-06 Comillas ha concedido 827 becas por un valor de 1.169.419,32 euros.