Hay 96 grupos de investigación censados, que agrupan a casi 1.000 investigadores. A 31 de diciembre de 2005, participaban en un total de 87 proyectos de investigación financiados por convocatorias públicas. En conjunto, tales proyectos, que en buena parte tenían carácter plurianual, sumaban presupuestos cifrados en total en 6.287.260,36 euros. Además, en 2005, los investigadores de la Universidad Pública de Navarra realizaron 105 trabajos de investigación por un importe de 1.716.840,04 euros para empresas privadas y algunas instituciones.
En el campus universitario de Pamplona se sitúa el Instituto de Agrobiotecnología, coparticipado por la Universidad, el Consejo Superior de Investigaciones Científicas y el Gobierno de Navarra y especializado en la fisiología, la bioquímica y la biología molecular de plantas.